Akademi Analis Kesehatan Manggala Yogyakarta yang selanjutnya disingkat AAK Manggala didirikan pada tanggal  29 Januari 1998 oleh Yayasan Manggala, yang merupakan kependekan dari “Manungaling Anggota Nedyo Gotongroyong Nggayuh Amrih Luhuring Atmojo”.

AAK Manggala badalah bentuk realisasi gagasan Yayasan Manggala dalam keikutsertaannya mengantisipasi laju perkembangan pendidikan kesehatan, khususnya pendidikan Analis Kesehatan. Akademi Analis Kesehatan Manggala Yogyakarta berdiri dengan SK Menkes RI No.HK.00.06.1.3.33.61 dan SK Mendiknas No.240/D/O/2006 serta terakreditasi B berdasarkan SK Menteri kesehatan RI No. HK.06.01/III/3/02435/2011.

Berkaitan dengan alih bina dari Departemen Kesehatan ke Departemen Pendidikan Nasional pada tahun 2006, maka melalui BAN-PT No.032/BAN-PT/AK-XII/Dpl-III    / XIII/2013 tanggal 22 Desember 2013.

Mengingat -persaingan dalam dunia kerja dan kualifikasi yang semakin tinggi, maka mutlak dituntut untuk mencetak tenaga yang profesional di bidangnya. Tenaga Ahli Madya Teknologi Laboratorium Medik diharapkan dapat menjembatani pelayanan kesehatan di bidang laboratorium kesehatan. Suatu program pelayanan kesehatan yang juga didambakan oleh masyarakat umum, di mana di dalamnya terkait erat pelayanan medis.