Laboratorium di AAK Manggala Yogyakarta merupakan fasilitas utama yang dilengkapi dengan peralatan canggih dan modern sesuai standar kesehatan laboratorium. Laboratorium ini dirancang untuk mendukung praktik pembelajaran dan penelitian mahasiswa agar dapat memahami secara langsung teknik-teknik analisis kesehatan yang aktual dan aplikatif. Dosen dan staf pengajar secara rutin membimbing mahasiswa dalam kegiatan praktikum, sehingga lulusan AAK Manggala memiliki keterampilan teknis yang siap pakai di dunia kerja. Keberadaan laboratorium yang representatif ini memperkuat kualitas pendidikan dan mempersiapkan mahasiswa menjadi analis kesehatan profesional yang kompeten.